Dù lập nền trên nguyên tắc tự trị và hoạt động độc lập, có thể dễ dàng tìm thấy những điểm tương đồng giữa hầu hết các hội thánh liên phái.

Tín lý Duy Kinh Thánh (sola scriptura – dạy rằng Kinh Thánh là nguồn duy nhất của mọi thẩm quyền thần học.) được xem là giáo lý căn bản. Từ đó, hầu hết các giáo đoàn liên phái chia sẻ với nhau những tương đồng về các luận điểm thần học khác được công bố trong Tín điều Nicene và Tín điều các Sứ đồ, dù vẫn còn những dị biệt nhỏ trong cung cách giải thích các bản cổ sao của Kinh Thánh.

Bởi vì hầu hết các hội thánh liên phái đều có nguồn gốc từ phong trào Kháng Cách, họ đều chấp nhận Năm Tín lý Duy nhất, đó là Duy Chúa Cơ Đốc, Duy Kinh Thánh, Duy Đức tin, Duy Ân điển và Duy Thiên Chúa được tôn vinh.

Phần lớn các giáo đoàn liên phái được xem là thuộc trào lưu Tin Lành (Evangelical), đặc biệt là khi xem xét đến các vấn đề liên quan đến giáo lý cứu rỗi. Thông thường, họ chấp nhận nền thần học Baptist với một ít ảnh hưởng từ các trào lưu Ân tứ, Ngũ Tuần và Nền tảng.

Bên ngoài lĩnh vực thần học, trong các giáo đoàn liên phái không có sự phân biệt đối với các dị biệt về quan điểm chính trị hoặc nguồn gốc tôn giáo.